É bem interessante, eu mudaria 3 coisas

  • Estilo padrão, para slides (PowerPoint, Google Slide, Impress) geralmente se usa:
section {
  font-size: 18pt;
  text-align: left;
}
  • Ao invés do tema ser uma anotação, ser um seletor (pode se inspirar no PowerPoint)
  • Gerar indicadores CSS para cada slide, por exemplo:
.slide_8 {
  /* Esse CSS só se aplica ao slide 8*/
  font-size: 18pt;
  text-align: center;
}

Vou olhar se isso foge do estilo que o marp (que estou usando agr como motor) usa. Mas acho que não dá sem misturar html no .md (o que eu evito).

Você meio que não precisa misturar HTML no MD pra isso, o marp gera o SVG com sessões com id bem definido, seria o caso de injetar o CSS no SVG