em node com express que não é opinado você pode usar a organização de pastas que quiser!

Frameworks opinados são menos usados no node!

Você pode usar a mesma organização que usava com java! Ou criar uma propria!

Pessoalmente uso uma que chamo de mini-mvc Que é um mvc por áreas!

Também gosto de fatia vertical https://dev.to/devdoido/conheca-o-clean-vertical-sliced-architecture-a-uniao-dos-2-mundos-4gnd