Estou em um projeto que possui uma ideia parecida (multi atendimento/setores).
Qual banco de dados você optou por utilizar? E foi atras pra ver sobre a questão de banimento do número? Se sim, oque você conseguiu de informação (por exemplo: banimento só ocorre se tiver spammado e com muitas denúncias)?
O NodeJs armazena as instâncias e algumas informações em MongoDB e o sistema web armazena em MySQL normal.
Sobre o banimento, realmente existe a chance mas são baixas se souber como controlar, evitar o envio de mensagens iguais para todos os contatos por exemplo sem uma lista de transmissão é problemático, basicamente evitar spams e não receber denúncias. O mais recomendado é utilizar automações exclusivamente com contatos que possuem seu número adicionado, assim evita ou reduz drasticamente as chances de banimento.
Uma explicação boa pode ser encontrada aqui