O NodeJs armazena as instâncias e algumas informações em MongoDB e o sistema web armazena em MySQL normal.

Sobre o banimento, realmente existe a chance mas são baixas se souber como controlar, evitar o envio de mensagens iguais para todos os contatos por exemplo sem uma lista de transmissão é problemático, basicamente evitar spams e não receber denúncias. O mais recomendado é utilizar automações exclusivamente com contatos que possuem seu número adicionado, assim evita ou reduz drasticamente as chances de banimento.

Uma explicação boa pode ser encontrada aqui