concordo totalmente que assumir que o React puro não é recomendado, é um tiro no pé. Desde que comecei a desenvolver com React, 90% dos casos fui para opções como SPA, especialmente em projetos que precisamos de resultados rápidos e não podem perder tempo com infra, SSR, tipos de bundles e afins. Hoje com opções como vite, concordo que o CRA hoje é visto como não performático com as configurações padrões, mas acelera muito o start do projeto, acredito que deveriam deixar como opção escolha pro dev, sem colocar como "não recomendado", porque cada caso é um caso e cabe o Dev decidir, sem interferência de uma DOC dizer que não é recomendado. DOC tem peso, o Dev decidir por contradizendo a DOC oficial, pode ser visto como má pratica, e as vezes travar uma briga com Arquitetos/Product Managers, por não ser uma opção recomendada pela DOC...
Concordo com o que você falou, mas sobre a situação do CRA, muitos que pediram para ele ser removido da documentação queriam ver ferramentas como o Vite sendo mencionadas de forma mais aberta.