Então, é um grande depende...

Os elementos/componentes filhos sempre estarão suscetiveis as regras do flex-box, como por padrão estar em linha, independente do display do elemento filho. Também tem o fato que os elementos filhos vão estar com o z-index 'ativado', por serem flex-items.

Tirando isso, se você tem a expertise em entender os poréns do flex-box, e saber usar bem a biblioteca, usando Flex, Stack e Box, não vejo problema algum.