Esse "pro mercado" que o Daniel escreveu eu interpreto como:

1. É difícil conseguir emprego, pois o mercado vai pedir conhecimento em Unity e outras ferramentas mainstream
2. Se seu projeto der certo e vc precisar de pessoal, pode ser difícil encontrar profissionais capacitados

Se vc é um desenvolvedor independente e pretende lançar seu jogo assim e permanecer assim, então realmente a ferramenta usada não importa para o jogador, desde que o jogo rode de maneira satisfatória e seja divertido.

Na minha opinião, se vc quer ser um desenvolvedor de jogos para entrar no mercado de traballho, não acho que LibGDX valha a pena.

Mas se o que vc realmente quer é criar um jogo com Java, então LibGDX pode valer a pena, pois vai facilitar seu trabalho.

Mas já que vc quer entender como as coisas funcionam, saiba que a LibGDX ainda não é o patamar mais baixo. Ela abastrai várias coisas pra vc como gerenciamento de cenas, de camera e do ciclo de vida do seu jogo.

Talvez vc queria dar uma olhada na LWJGL (https://www.lwjgl.org/) que é a biblioteca usada pela LibGDX por debaixo dos panos. Ali vc terá contato direto com coisas de mais baixo nível como a OpenGL e terá que lidar com tudo, desde o main loop.

E aproveitando, já que vc tem este interesse, um livro que é muitíssimo bom e gratuito e que eu recomendar dar uma olhada é este aqui:

https://gameprogrammingpatterns.com/

O livro não é sobre Java ou ferramentas especificas. Ele descreve patterns gerais que permeiam o desenvolvimento de jogos.