Se estiver falando de um aplicativo para smartphone, a parte do PHP e MySQL você não vai conseguir empacotar, mesmo usando o Ionic ou similar. O backend vai ter que rodar em uma hospedagem da mesma forma que deve ser hoje.

O jeito mais simples, seria trabalhar o front-end para torná-lo um PWA. Que dá uma experiência de app nativo para páginas web.

O jeito mais gambiarra é criar um app apenas com uma WebView que aponta para a sua página na web. Há vários aplicações assim na playstore que usa o ReactNative ou Flutter para fazer isso, e para desktops o pessoal usa o Electron para chegar nesse objetivo. Lembrando que isso não é a solução ideal, mas é uma saída possível.

Eu particularmente, para um projeto sério, eu não faria nada desse tipo. Se o webapp funciona bem, eu manteria funcionando apenas no navegador. Se ser um app é importante para o processo, eu desenvolveria um app focado na UX de smartphone, pois esses "apps convertidos" normalmente pecam nesse ponto de UX, além de terem uma performance lastimável.