não quero usa-lo pois sei da dificuldade de trazer os registros deletados para o meu sistema em uma análise de métricas por exemplo
Não trabalho com Java atualmente, mas independente disso não entendi qual seria o problema de usar um where na aplicação. A cláusula where é uma das coisas mais comuns que usamos quando trabalhamos com banco de dados, qual é o problema por trás disso?
Mudar de linguagem
Se você for mudar de linguagem em qualquer dificuldade de arquitetura ou de biblioteca que encontrar, você quase nunca vai conseguir entregar um projeto. Se você está usando ORM e Spring Boot, é bem provável que está fazendo um projeto ao estilo Data Driven, CRUD ou coisa parecida, e nesses casos qualquer linguagem das mais populares vai atender perfeitamente (inclusive Java) o que muda é sua habilidade com ela.
Existem algumas situações em que mudar de linguagem ou reescrever um programa pode fazer sentido, mas pelo que vi da sua pergunta esse não é o caso para o seu projeto.
O meu problema nã é com usar o where do banco de dados, mas sim a anotação WHERE do hibernate, da qual aplica uma clausula where para toda query que envolve a classe que recebeu a anotação. Não queria usar ela pois é muito difícil ou até impossível realizar uma query sem o próprio hibernate inserir a clausula, fazendo com que eu NUNCA consiga realizar uma query para buscar os registros deletados