Sim. Geralmente funciona da seguinte forma, eu consumo uma api escrita em php com o javascript e aí uso o chart.js pra criar oa gráficos.
Estou usando o medelo de projeto MVC. Eu fazendo o painel do admin, o sistema vai ser de delivery para uma pizzaria da minha cidade, por isso estou fazendo os gráficos. Você recomenda eu fazer a parte do gráfico em um arquivo.php separado, e incluir no main.html? para ficar mais certo? Estou usando o Twig template.
Você disse que está utilizando mvc, imagine que você tenha um controlador onde você vai buscar todas as vendas do seu sistema de delivery. E aí nesse controlador você vai servir as suas vendas em um json. Lá no front, você buscar esse json, seja com javascript ou o proprio php, acessando esse controlador. Essa é uma forma, mas aí nesse caso você tem que ter alguma forma de autenticar né, seja na sessão, cookie, ou token, algo do tipo.