Depende de projeto pra projeto.

em qual infraestrutura você vai subir?

que framework voce esta usando?

django tem um modelo de arquivos e pastas bem estruturado então o ideal é voce seguir como ele faz.

Esta montando uma API com express e um front react totalmente isolados um do outro?

então é como se voce estivesse fazendo dois projetos diferentes então você pode literalmente tratar eles dessa forma.

Eu sou mais Backend do que Front. Geralmente eu trabalho com APIs a parte do projeto. Então eu faço a API para suprir todas as necessidades que eu acredito que vou precisar.

Daí monto o front separado. Se eu descubro algo que preciso e não tinha pensado antes, anoto e adiciono na API mais tarde.

Vem funcionado pra mim. Isolar bem os projetos também ajuda até porque segue o principio do clean code que você não precisa necessariamente saber como algo é feito, apenas o que é feito dentro do código interno.

Então se no futuro alguém for mexer no seu front, não vai precisar de acesso ao seu back.

Espero ter ajudado. Mas no geral. Dá uma pesquisada em arquiteturas padrão do framework que você ta usando. Mesmo que não siga todos os padrões é bom deixar similar ao mercado como um todo.