Bom dia,
Não sei como estás a fazer o controlo de versões, mas existe uma ferramente opensource chamada liquibase que é orientada ao controlo de versões de schemas de BD.
pode ser que ajude
Cara, acho que essa seria a solução que estou procurando. Uma ferramenta mais pronta que não precise pensar em todas as variaveis possiveis e implementar isso tudo com scripts próprios.
Irei instalar o Liquibase no meu sistema e ver se resolve :)
Muito obrigado pela colaboração o/