Tudo que o Java faz, C# faz melhor, mais rápido e mais bonito. Isso é consenso até entre quem nunca programou nessas duas linguagens como eu.
Sim, mas fico meio balançado por ver bastante gente falando que pra uma primeira vaga, java tem mais mercado, porem desde o inicio da faculdade ja codo em C# ai fico me duvida em qual "focar" para uma primeira oportunidade.