Documentação oficial: A documentação oficial do React é uma excelente fonte de informações atualizadas e abrangentes. O site oficial do React (https://reactjs.org/) contém tutoriais, guias e exemplos que podem ajudar você a entender os conceitos fundamentais e aprofundar seu conhecimento.

Então, eu passei por lá, fiz alguns tutoriais basicos etc... O que fiz foi eu iniciar pelo tópico LEARN REACT > INSTALLATION > Start a New React Project. Eu desejo criar um site completo com react, e a documentação nesse ponto já me sugere fazer uso do NextJs/Remix, por exemplo. Se eu decidir seguir com NextJS, eu sou redirecionado para o site do next.js e assim inicio todos os tutoriais por lá... o que me parece errado.

A minha preocupacão é em como estão a maioria dos códigos em produção hoje, maioria dos projetos já são usam next, remix ou gatsby ? Exemplo de duvidas que não encontrei respostas claras ainda. Como as empresas estão trabalhando com roteamento, guards e organizando a estrutura do projeto?

Eu fiquei meio confuso também, pois antigamente o pessoal iniciante criava um projeto usando create-react-app, mas ele foi descontinuado por ser lento/desatualizado e agora a documentação recomenda iniciar um projeto já com um framework, como next ou remix, como você já disse. Por outro lado, é bem difícil ter que aprender React e mais um framework ao mesmo tempo (já disse que o Next.js mudou radicalmente com a atual versão 13?). Se você não quiser usar esses frameworks por enquanto, você ainda pode usar o create-react-app para focar só no react, só não vai ser a melhor maneira de colocar em produção. O React é apenas uma biblioteca e só tem o essencial para gerenciar estados dos componentes e aplicar as mudanças no DOM de uma maneira eficiente, ele não tem um gerenciador de rotas, não te faz organizar a estrutura do projeto, tudo isso você só consegue instalando módulos ou usando um framework como Next.js ou Remix. Então não vai dar para escapar deles.
O CRA de fato não existe mais. Mas você consegue criar app React usando o VITEJS. https://vitejs.dev/guide/
Exato, última vez que estudei foi com CRA, só que já foi "abandonado" por isso fiquei meio perdido
Não se perca, você ainda consegue criar aplicativos react com o vitejs. Depois que você se sentir confortável com react, pode escolher um framework.