MVP é um prova de conceito de um produto. No caso de um app ou sistema, algo simples, com funcionalidade iniciais para testar. No contexto da sua pergunta, fazer algo novo, do zero.

Sistema legado, são sistemas já criados em funcionamento, por exemplo, o sistema que tem em uma contabilidade, loja ou padaria. Você ai, não cria do zero, mas dá manutenção, evolui módulos ou simplesmente arruma coisas