O problema é que o sistema possuí 2 index, uma é do wordpress e a outra é dos arquivos criados para serem integrado. O sistema em wordpress é uma landing page, e o sistema criado para integração é um crm, acredito que no caso do subdominio igual você informou já resolveria, não?

esse crm está desenvolvido em que? colocando em uma subpasta deveria funcionar.

Esta desenvolvido em php. Vou efetuar testes para verificar se vai funcionar