Sim, eu consigo fazer uma query filtrando os excluidos, porém, preciso deixar isso genérico e escalável, já que colocar a clausula where em todos os meus selects seria trabalhoso e perigoso em casos de esquecimento
Acredito que esse link possa te ajudar a deixar genérico nas entidades de soft delete. Por ese site, você encontra várias outras dúvidas sobre o Spring.
Obrigado pelo link, pelo visto não há muitas saídas mesmo