Geralmente o pessoal abre de qualquer jeito, como MEI so para usar integração bancária, mas uma softhouse costuma abrir no anexo 5 e usa o fator R pra cair pro anexo 3 (apesar de que acho que isso acabou com o atual governo, eu acho).

Para quem nao sabe, a atividade de desenvolvimento de sistemas como PJ é obrigado enquadramento do anexo 5 do Simoles Nacional (não é aceito MEI), significa que o governo ficará com no mínimo 15% do seu faturamento (nao é do lucro, é do faturamento), mas caso a empresa possua funcionários equivalentes ao faturamento (Fator R, busquem o cálculo), poderá tributar pelo anexo 3 que paga 6% em vez de 15%.