Qual o problema de retirar tais projetos da solução? No projeto principal, referêncie o release dos projetos, dessa forma não vai precisar compilar tudo o tempo todo, não faz nenhum sentido manter uma solution com toda essa infinidade de projetos.
Na empresa temos um publicador que compila o projeto e monta o instalador, a ideia é permitir que os clientes que tem projetos especificos recebam o instalador.
Antes de colocar tudo isso na mesma solution era feito manualmente.
A ideia é facilitar pra quem desenvolve que não precisa de tudo isso sem a necessidade de perder um tempo manualmente removendo os projetos e tals.