Como você está fazendo o clone? Está usando algum software ou a própria gaveta está clonando? Tenta gerar uma ISO do SO, tem bons softwares que eu uso, como Systemback, Refracta ou PenguinEggs. Gera uma ISO e manda instalar nesse HD.
Eu estava fazendo a imagem pelo clonezilla. Fiz exatamente isso, baixei o ISO do SO e instalei na máquina e coloquei um timer de energia para simular quedas de energia, afim de fazer testes se a máquina vai continuar dando erro.