Ao criar tags dentro de um contexto pré-definido pelo próprio HTML não vai afetar o SEO já que no build todas essas tags personalizadas virarão um DIV.
Por exemplo
<meu-header>
<minha-secao>
<meu-lateral>
</meu-lateral>
</minha-secao>
</meu-header>
Tudo isso vai virar DIVs o que é extremamente ruim para o SEO. Agora se você aplicar dentro do contexto global seguinto a semantica do html e um ou outro item ter tag personalizada, não terá problema por exemplo
<html>
<header>
</header>
<body>
<section>
<meu-botao-diferenciado></meu-botao-diferenciado>
</section>
</body>
</html>
Agora, fazer toda essa personalização porque para VOCÊ fica uma leitura mais agradavel acredito que esse não é o caminho se você está fazendo algo para ambiente web além de estar "reinventando a roda"
Hoje para você pode ficar mais "dinamico e fluido" a leitura do código, mas para outros e até mesmo para você depois de 1 mês sem sequer abrir o código, não.
Acredito que quando programamos, nunca é para nós, mas sempre para os outros tanto na utilização do que foi programado quanto para a manutenção da programação.