Tu poderia ter dois arquivos de configuração so pra salvar a secret key e as configurações do banco. E ao inves de ser um arquivo.env, tu pode separar o settings em outros arquivos.
Tenho dois arquivos .env separados, um pra desenvolvimento e outro pra produção. Mantenho assim porque sao muitas configurações que mudam de um ambiente pra outro, não apenas banco e chave secreta. Meu app principal faz autenticação no AD, então muda caminho de OU, usuário do ad, grupos de permissões, entre outros.
ah sim, entendi. De 12 projetos que tenho em produção, em 9 deles a gente tem dois arquivos .env também, neste contendo além das configurações do banco, também tem as configurações para enviar email.
gosto de adotar o modelo modularizando o settings.py somente quando vou utilizar o Cron.
Creio que o abrir arquivo pode dar uma bugada no cron mas nunca vi nada falando sobre isso em lugar nenhum.