eu diria pra usar svg, que dai o app pode tratar as cores de fundo e do codigo, mas é um ponto interessante.
A biblioteca de geração de qrcode que eu uso já permite que eu troque as cores sem que eu necessariamente use um SVG, porém não achei necessário no momento da criação pensar em costumização, mas é uma boa feature a se pensar. Obrigado!