Para hospedagens compartilhadas de qualquer empresa, não é possível subir uma aplicação em NodeJS...

https://suporte.hostgator.com.br/hc/pt-br/articles/115000384693-Quais-s%C3%A3o-as-compatibilidades-da-HostGator-

... Então, de qualquer maneira, você vai precisar de um serviço dedicado (VPC, VPS, na AWS, Render.io, Digital Ocean e mais um monte de serviços que fazem isso).

É muito complicado fazer hosts de aplicação utilizando os paths, o melhor para evitar esse tipo de problema é subdominio: dominio.com.br e a API em api.dominio.com.br, porque assim você pode controlar pra onde será apontado o host das aplicações via DNS.

As soluções mais barata são, na minha opinião:

  • EC2, em uma config t2.micro.
  • Separar os "provedores" das aplicações:
    • NodeJS: Render.io, AWS EB, Vercel, etc. (Dependendo do plano, é até de graça durante certo uso)
    • PHP: (não conheço muitas, mas as hospedagens compartilhadas funcionam em sua maioria com PHP: Hostgator, Hostinger, etc)
  • Pelo que entendi, sua aplicação front está em PHP e API em NodeJS, certo?
    • Porque não tenta usar um framework tipo NextJS? Que já implementa o front e expõe a sua api do jeito que você comentou: dominio.com.br -> front | dominio.com.br/api -> API. Pode ser uma curva no aprendizado, mas pode valer a pena...