Parabéns pela iniciativa, essa parte é realmente umas das mais "chatinhas" ao se iniciar o projeto!

Demais, eu até subi uma outra branch no repo chamada feat/stackHeader dando um exemplo de como remover o header do drawer navigator somente nas telas que estão dentro do native stack para deixar o header padrão com o botão de voltar para as telas que fazem a navegação por stack, pois essa parte é ainda mais complicada.