Esse também é um ponto pra se considerar, manter a versão das tabelas acaba sendo muito útil. Porém, já trabalhei em lugares que havia um app usando alembic (Python) que era o responsável por gerar as tabelas ai a maior parte dos serviços não usava o ORM por que tinha um projeto só pra isso.
Que massa! Eu não conhecia essa solução. Estava analisando agora e percebi que ela resolve todos os meus problemas relacionados à migração de banco. Vou começar a recomendá-la! Apesar de ser mais focado em Node.js, gosto muito de Python e acredito que os dois podem ser usados juntos sem problemas.