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$ ls Comando frequentemente usado para visualizar arquívos e diretórios. O $ ls pode receber flags que alteram sua exibição final. Por exemplo na utilização do $ ls -lha, essa flag é a "soma" de 3 flags, a $ ls -a, mostra todos os arquivos, incluindo os invisíveis. Para mais informações sobre suas flags, acesse esse site.
$ mkdir Cria diretórios, não tem muito que falar, é isso. Para criar uma pasta batsa $ mkdir src, usar a flag $ mkdir -p src faz com que, a pasta só seja criada caso ela não exista.
$ touch Ótimo para criar arquívos, basta $ touch main.cpp, pronto.
$ du Mostra os arquivos, no formato do $ ls, com seus devidos tamanhos. $du -h, com a flag, permite que seja mostrado os tamanhos dos arquivos no formaot MBou GB. Caso deseje ver o tamanho de um arquívo específico, basta fazer $ du -h main.cpp.
$ rm Remover arquívos e pastas, basta fazer $ rm main.cpp para arquivo, e para forçar para apagar uma pasta, faz $ rm -rf src/.
$ cd Esse é importante, se você digitar $ pwd, o resultado vai ser o "caminho" da pasta corrente, escolha uma pasta e faça $ cd [nome da pasta]. Obviamente você vai ver as pastas usando o $ ls. Após ter escolhido e entrado, digite $ pwd para ver que você "saiu do lugar".

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