oq é isso de raiz? sou nova nessas coisas nao entendo muito

Digamos que você tenha um arquivo chamado index.html e quer hospedar-lo no seu repositorio chamado site no github, para isso é necessário que esse arquivo esteja na parte principal do projeto.

Exemplo:

site |-- index.html

Dessa forma seu arquivo está vísivel para o gitub , caso tenha mais arquivos ou pastas é só seguir a mesma lógica . : )