Eu sigo algo muito parecido com esta aula aqui do https://www.youtube.com/watch?v=-qWySnuoaTM

app ├── init.py ├── models │ └── user.py ├── ext │ └── db.py │ └── auth.py │ └── config.py ├── blueprints │ └── auth │ └── init.py │ └── routes.py │ └── views.py ├── static │ └── css │ └── js │ └── img └── templates │ └── index.html └── templates │ └── test_db.py

Acho muito organizado e deixar separadinho assim deixa muito mais fácil alterar ou remover qualquer coisa depois