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Algo que pode te ajudar na navegação entre tuas notas é usar backlinks (bidirecionais), isso facilita ir de uma nota a outra que tenha alguma relação sem necessariamente usar toda a hierarquia de páginas. Dessa forma, você adota uma abordagem/metodologia parecida com as ferramentas como o logseq e obsidian. É justamente criar esses backlinks que vão permitir gerar os grafos no final das contas.

Outra metodologia que pode te ajudar é partir sempre de databases. Isso facilita muito a estruturação do teu Notion e a trabalhar com todo teu conteúdo de forma dinâmica. Em vez de você criar uma página normal e ficar com várias páginas uma dentro das outras, você pode criar todas as suas páginas como entradas em um banco de dados e depois criar diferentes views para cada uso que você fizer usando filtros.

Se você optar por permanecer usando Notion, te recomendo pesquisar por esses dois tópicos no YouTube e ir incorporando algo deles ao teu fluxo de trabalho, pode melhorar muito a usabilidade e eficiência do teu Notion.