Na empresa em que trabalho usamos o TimeDoctor, ele é sinistro. Tem um rastreio de tempo completo e nos planos avancados ele pode inclusive rastrear o mouse e teclado junto com capturas de telas que ocorrem ao longo da jornada de trabalho.

Particularmente já usei o Toggl, mas parei ao perceber que ele não tem registro de log. Assim alguém pode editar o log sem problemas, pelo menos não tinha quando eu usava-o.

Outro que curto bastante é o YouTrack, da gigante JetBrains. A ideia dele é ser um "jira" com superpoderes, o mais impressionante poder é oferecer uma versão self-hosted para até 10 usuários. Nele você tem o esquema de rastreio de tempo para tarefas similar ao que o Jira tem.