Eu acho que quando o pessoal fala sobre lógica de programação refere-se a questão de que programar é escrever uma 'sequencia de instruções'.

Às vezes o pessoal esquece.

Às vezes a pessoa fica empacada procurando o comando certo e passa despercebido que trata-se de uma sequencia de instruções que o harwdare deve obedecer.

São instruções/solicitações/ordens/pedidos que o programador escreve numa linguagem específica. Parece óbvio mas muitas vezes a pessoa se confunde.

Acho que quando o pessoal fala de lógica eles se referem a isso (que eles meio que sabem mas é um 'sei' meio escondido na mente)