2FA não impede o criminoso de acessar a conta do usuário caso ele tenha o ID da sessão, só impede métodos tradicionais como login usando nome de usuário/e-mail e senha ou alterações na conta que exigem o 2FA (igual você informou).
Um exemplo real disso é que vários canais de Youtubers, contas de Instagram e afins já foram hackeados dessa forma, mesmo tendo 2FA.
Sim, 2FA é bom, mas infelizmente não impede o criminoso de boicotar o canal do usuário, como por exemplo: privar conteúdos, excluir conteúdos, fazer transmissão fraudulenta, fazer golpe usando o perfil da vítima e dentre outras ações.
Exatamente, não impede. Tanto é que meu ponto visa tentar minimizar algumas ações maliciosas, pois proteger 100% nenhuma plataforma garante.
Excluir vídeos do YouTube, por exemplo, não é uma tarefa comum que um usuário faria. Se há várias exclusões, os algoritmos do YouTube deveriam minimamente confirmar de alguma forma, se aquela pessoa está de fato querendo fazer aquilo, criando mais camadas adicionais de segurança, pedindo senha, etc. para minimizar riscos. As plataformas precisam investir mais em segurança, nesses pontos.