Segundo a Lei do Seguro Desemprego:
Art. 3º Terá direito à percepção do seguro-desemprego o trabalhador dispensado sem justa causa que comprove: V - não possuir renda própria de qualquer natureza suficiente à sua manutenção e de sua família.
O simples fato de ter um CNPJ não impede de ter o seguro, desde que faça a declaração de empresa inativa ou empresa sem movimentação.
O Problema é ter um CNPJ com movimentação
Mas estou te dizendo, mesmo sem o CNPJ ter movimentação, eles não liberam o benefício. Recorrer é inútil porque sempre dão como indeferido.
Edit: Eu comprovei que o CNPJ tinha sido aberto há menos de 1 mês, e emiti um documento lá da receita que comprova não ter tido nenhuma receita, e quando recorri, responderam que teria que encerrar o CNPJ ou ser retirado como sócio - aí eu interpreto como: colocar um terceiro, receber o benefício, e depois voltar como sócio.