Assim:

const metaTag = document.querySelector('meta[name="color-scheme"]');

metaTag.content = 'light'; // <meta name="color-scheme" content="light">
metaTag.content = 'dark';  // <meta name="color-scheme" content="dark">

Pode até criar uma função para isso:

function setScheme(scheme) {
  const metaTag = document.querySelector('meta[name="color-scheme"]');
  metaTag.content = scheme;
}

setScheme('light');
setScheme('dark');

Ou uma função pra cada:

function setLightScheme() {
  const metaTag = document.querySelector('meta[name="color-scheme"]');
  metaTag.content = 'light';
}

function setDarkScheme() {
  const metaTag = document.querySelector('meta[name="color-scheme"]');
  metaTag.content = 'dark';
}

setLightScheme();
setDarkScheme();