O senior da empresa em que trabalho usa Filezila ate hoje, acomodou tanto que nem composer usam, é bizarro mesmo.
Para publicar em produção, projetos complexos e com muitas alterações usa-se uma automação do Workflow no proprio Git, composer, filezilla você só vai encontrar essas praticas em projetos pequenos e muito simples. Um simples Pull publica tudo, reverte, faz backup, deixa tudo rastreavel.