Pode ser mais trabalhoso, se a ideia dos frameworks/bibliotecas é justamente adiantar boa parte do trabalho. Quanto maior o projeto for ficando, mais complexo e de difícil manutenção vai ficar seu código. Vai chegar uma hora que a refatoração vai ser inevitável, e talvez emergente.

Então por mais que seja uma aplicação simples, utilizar o react por exemplo, para fazer o site é uma boa ideia? O design e meu chefe tem grandes ideias, mas estamos vendo como implementar...

Eu fico nessa sem saida pois nem Junior sou ainda e não tenho lider de equipe, ele me passam um figma e vou aprimorando nosso site. Migrar ele para react vai ser tranquilo, o negocio é o css que tem 700 linhas

Outra duvida, o CSS para projetos grandes, realmente precisa de libs? Eu tenho uso apenas o CSS puro(html e js também).

Desde já, muito obrigado pela respota

Opa, vou responder quanto a questão do CSS. Você pode criar a estilização de algumas formas com o React,eu já usei css-in-JS com e sem Styled Components e sass (que é bem familiar ao css puro.
Eu vi que em algumas vagas, pedem bastante SASS, então creio que vou me moldando a necessidade de mercado
Se o projeto não tem pretenção nenhuma de escalar, talvez dê pra vc se virar com a linguagem pura. Mas sim, mesmo projetos pequenos podem ser feitos em React sem problema nenhum. Quanto a CSS não é meu forte, mas se não me engano você pode linkar as libs do Bootstrap e copiar os códigos de lá (agiliza muita coisa), e depois customizar conforme sua necessidade.