Na programação nao existe "o mais correto", tudo que funciona é válido. Existem sim arquiteturas mais utilizadas e que se tornam um padrão. Por exemplo, no php temos o framework laravel em evidencia, ja no Java o Spring Boot. E assim vai...

Como você citou arquitetura MVC, hoje em dia ela não é tão mais aplicada assim. O que existe hoje é um servidor "backend" que é uma API e um "frontend" que consome essa API. São aplicações distintas.

No php por exemplo, você pode usar laravel para ver essa mágica acontecer. Quer testar? Instale o laravel em sua maquina e crie um projeto padrão deles lá, que ja vem inclusive com autenticação e um frontend qualquer (vue ou react..).