Boa pergunta. Dependendo da aplicação, pode ser vantajoso. Como por exemplo, no exemplo de aplicativos mobile é utilizado o armazenamento deste token para manter o usuário autenticado.
Armazenamento de Tokens em Cookies podem ser inseguros pois há chances de ocorrer um ataque CSRF (Cross-Site Request Forgery).
Dependendo da aplicação, podem ser extremamente úteis, porém no meu dia a dia como dev, não utilizo armazenamento local de Tokens ou etc. Pois, os tokens utilizados são descartados após o uso.
Pesquisando sobre, pois também fiquei curioso só usar cookie na verdade é uma boa opções desde que vc utiliza a flag httpOnly e secure. pois o httpOnly impede ataque xss pois não é possível enviar usando javascript e o secure só permite o envio usando https.
Ainda estou pesquisando sobre o assunto pois sempre utilizei localstorage.